Wie hier beschrieben:
http://grokbase.com/t/centos/centos/09cp4pke2q/sftp-stalled-on-large-files

echo 0 > /proc/sys/net/ipv4/tcp_sack

Das Problem verschwand nach einem aptitude/apt-get purge aller entfernter Pakete. Ursache dürften irgendwelche alten DBus relevanten Konfigurationsdateien gewesen sein.